Chi amministra sistemi GNU/Linux, o anche solo li usa quotidianamente, conosce bene il problema: ogni distribuzione ha il proprio gestore di pacchetti, le proprie versioni delle librerie, i propri tempi di aggiornamento. Un pacchetto .deb pensato per Debian non gira su Fedora, una libreria disponibile su Arch potrebbe non esserci (o essere troppo vecchia, o troppo nuova) su Ubuntu LTS. Flatpak nasce proprio per rispondere a questo problema, proponendo un formato di distribuzione software universale, sandboxato e indipendente dalla distribuzione sottostante.